دانشگاه فریدریش شیلر ینا (آلمانی: Friedrich-Schiller-Universität Jena) یک دانشگاه دولتی در شهر ینا در ایالت تورینگنآلمان است. این دانشگاه در ۱۵۵۸ میلادی بنیانگذاری شده است و در میان ده دانشگاه قدیمی آلمان است. تاکنون شش دانشآموختهٔ دانشگاه ینا برندهٔ جایزهٔ نوبل شدهاند که تازهترین آنها در سال ۲۰۰۰ میلادی روی داد، زمانی که هربرت کرومر بروندهٔ جایزهٔ نوبل فیزیک شد. بر اساس رنکینگ جهانی ۲۰۲۳ تایمز این دانشگاه در رتبه ۱۸۹ جهان قرار دارد و عضو گروه کویمبرا میباشد.
در ترم زمستان ۲۰۲۱/۲۰۲۲ میلادی، دانشگاه ۱۷۹۱۷ دانشجوی مشغول به تحصیل، و حدود ۴۰۰ پروفسور داشته است. رئیس کنونی آن والتر روزنتهال است که از سال ۲۰۱۴ میلادی مشغول به کار است.
