لومیکن

LUM
معین‌کننده‌ها
نام‌های دیگر	LUM, LDC, SLRR2D, lumican
شناسه‌های بیرونی	OMIM: 600616 MGI: 109347 HomoloGene: 37614 GeneCards: LUM
موقعیت ژن (موش)
کروموزوم	کروموزوم ۱۰ (موش)
پایان	97,408,565 bp
الگوی گسترش RNA
	More reference expression data
هستی‌شناسی ژن
عملکرد ملکولی	• collagen binding; • extracellular matrix structural constituent; • GO:0001948، GO:0016582 پیوند پروتئینی; • extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance;
ترکیبات سلولی	• GO:0005578 بافت‌مانه برون‌یاخته‌ای; • fibrillar collagen trimer; • lysosomal lumen; • Golgi lumen; • extracellular exosome; • extracellular space; • extracellular region; • collagen-containing extracellular matrix;
فرایند زیستی	• GO:1904578 response to organic cyclic compound; • axonogenesis; • collagen fibril organization; • extracellular matrix organization; • positive regulation of transforming growth factor beta1 production; • غضروف‌زایی; • keratan sulfate catabolic process; • response to growth factor; • keratan sulfate biosynthetic process; • GO:0003257، GO:0010735، GO:1901228، GO:1900622، GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • بینایی;
	منابع: آمیگو / کوئیک‌گو
هم‌ساخت‌شناسی
	4060
	17022
	ENSG00000139329
	ENSMUSG00000036446
	P51884
	P51885
	NM_002345
	NM_008524
	NP_002336
	NP_032550
	ویکی‌داده
مشاهده/ویرایش انسان	مشاهده/ویرایش موش

لومیکَن (انگلیسی: Lumican) یا «لومیکان» یا به اختصار «LUM» نام یک پروتئین ماتریکس برون‌یاخته‌ای است که در انسان توسط ژن «LUM» بر روی کروموزوم ۱۲ کُد می‌شود.^[۴]^[۵]

لومیکَن نوعی پروتئوگلیکان است و وزن ملکولی‌اش در حدود ۴۰ کیلو دالتون بوده و دارای ۴ دومِـین اصلی داخل‌مولکولی است.^[۶]

این پروتئین یکی از پروتئیوگلیکان‌هایِ کراتان سولفاتیِ اصلی در قرنیه چشم است؛ اما به‌طور یکنواخت در بیشتر بافت‌های مزانشیمی در همه‌جای بدن انسان یافت می‌شود.^[۷]

شفاف بودنِ قرنیهٔ انسان، به‌دلیل هم‌ترازیِ دقیق رشته‌های کلاژن توسط لومیکَن (و کراتوکن) در فضای بین‌رشته‌ای است. لومیکان در ماتریکس برون‌یاخته‌ایِ بافت رحم زنان در سن باروری موجود است^[۸] و میزانش در دوران یائسگی کاهش می‌یابد.

جهش و غیرفعال‌شدن این ژن در موش‌ها سبب بروز لکه در قرنیهٔ هر دو چشم و همچنین شکنندگی پوست می‌شود.^[۹] همچنین این موش‌ها، کلاژن غیرطبیعی در بافت قلب داشته و فیبریل‌های کم و ضخیمی در قلب پیدا می‌کنند.^[۱۰] موش‌هایی که کمبود همزمان لومیکَن و فیبرومودولین داشتند دچار التهاب شدید تاندون‌ها بودند.^[۱۱]

متاآنالیزهای اخیر نشان داد که بر خلاف تصور قبلی، این ژن در بروز نزدیک‌بینی شدید نقشی ندارد.^[۱۲]

لومیکَن در مایع فضای بین‌جنبی مبتلایان به «آدنوکارسینوم ریوی» به میزان زیادی موجود است^[۱۳] که این موضوع مربوط به ماتریکس برون‌یاخته‌ایِ اطراف تومور است. در بیش از نیمی از بیماران مبتلا به «آدنوکارسینوم مجاری لوزالمعده»،^[۱۴] وجودِ لومیکَن در ماتریکس برون‌یاخته‌ایِ دورِ تومور، موجب کاهش عود متاستاتیک بیماری پس از جراحی و افزایش سه‌برابری طول عمر در مقایسه با آنانی شد که لومیکَن را نداشتند. از آنجایی که لومیکَن قادر است به‌طور مستقیم به MMP14 متصل شده و آنرا مهار کند، این پروتئین احتمالاً از طریقِ جلوگیری از پروتئولیز کلاژن ماتریکس برون‌یاخته‌ای توسط آنزیم MMP14، در جلوگیری از پیشرفت تومور مؤثر است.^[۱۵]

منابع

1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000036446 - Ensembl, May 2017
↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
↑ "Entrez Gene: LUM lumican".
↑ Chakravarti S, Stallings RL, SundarRaj N, Cornuet PK, Hassell JR (Jun 1995). "Primary structure of human lumican (keratan sulfate proteoglycan) and localization of the gene (LUM) to chromosome 12q21.3-q22". Genomics. 27 (3): 481–8. doi:10.1006/geno.1995.1080. PMID 7558030.
↑ Kao WW, Funderburgh JL, Xia Y, Liu CY, Conrad GW (Jan 2006). "Focus on molecules: lumican". Experimental Eye Research. 82 (1): 3–4. doi:10.1016/j.exer.2005.08.012. PMC 2876311. PMID 16213485.
↑ Chakravarti S (2002). "Functions of lumican and fibromodulin: lessons from knockout mice". Glycoconjugate Journal. 19 (4–5): 287–93. doi:10.1023/A:1025348417078. PMID 12975607.
↑ Lucariello A, Trabucco E, Boccia O, Perna A, Sellitto C, Castaldi MA, De Falco M, De Luca A, Cobellis L (2015). "Small leucine rich proteoglycans are differently distributed in normal and pathological endometrium". In Vivo. 29 (2): 217–22. PMID 25792648.
↑ Chakravarti S, Magnuson T, Lass JH, Jepsen KJ, LaMantia C, Carroll H (Jun 1998). "Lumican regulates collagen fibril assembly: skin fragility and corneal opacity in the absence of lumican". The Journal of Cell Biology. 141 (5): 1277–86. doi:10.1083/jcb.141.5.1277. PMC 2137175. PMID 9606218.
↑ Mienaltowski MJ, Birk DE (2014). "Mouse models in tendon and ligament research". Advances in Experimental Medicine and Biology. Advances in Experimental Medicine and Biology. 802: 201–30. doi:10.1007/978-94-007-7893-1_13. PMID 24443029.
↑ Dupuis LE, Berger MG, Feldman S, Doucette L, Fowlkes V, Chakravarti S, Thibaudeau S, Alcala NE, Bradshaw AD, Kern CB (Apr 2015). "Lumican deficiency results in cardiomyocyte hypertrophy with altered collagen assembly". Journal of Molecular and Cellular Cardiology. 84: 70–80. doi:10.1016/j.yjmcc.2015.04.007. PMC 4468017. PMID 25886697.
↑ Li M, Zhai L, Zeng S, Peng Q, Wang J, Deng Y, Xie L, He Y, Li T (Jul 2014). "Lack of association between LUM rs3759223 polymorphism and high myopia". Optometry and Vision Science. 91 (7): 707–12. doi:10.1097/OPX.0000000000000302. PMID 24927138.
↑ Cappellesso R, Millioni R, Arrigoni G, Simonato F, Caroccia B, Iori E, Guzzardo V, Ventura L, Tessari P, Fassina A (2015). "Lumican is overexpressed in lung adenocarcinoma pleural effusions". PLOS ONE. 10 (5): e0126458. doi:10.1371/journal.pone.0126458. PMC 4427354. PMID 25961303.
↑ Li X, Truty MA, Kang Y, Chopin-Laly X, Zhang R, Roife D, Chatterjee D, Lin E, Thomas RM, Wang H, Katz MH, Fleming JB (Dec 2014). "Extracellular lumican inhibits pancreatic cancer cell growth and is associated with prolonged survival after surgery". Clinical Cancer Research. 20 (24): 6529–40. doi:10.1158/1078-0432.CCR-14-0970. PMC 4268437. PMID 25336691.
↑ Pietraszek K, Chatron-Colliet A, Brézillon S, Perreau C, Jakubiak-Augustyn A, Krotkiewski H, Maquart FX, Wegrowski Y (Nov 2014). "Lumican: a new inhibitor of matrix metalloproteinase-14 activity". FEBS Letters. 588 (23): 4319–24. doi:10.1016/j.febslet.2014.09.040. PMID 25304424.

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «Lumican». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۲۱ دسامبر ۲۰۱۷.

برای مطالعهٔ بیشتر

Grover J, Chen XN, Korenberg JR, Roughley PJ (Sep 1995). "The human lumican gene. Organization, chromosomal location, and expression in articular cartilage". The Journal of Biological Chemistry. 270 (37): 21942–9. doi:10.1074/jbc.270.37.21942. PMID 7665616.
Maruyama K, Sugano S (Jan 1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Rada JA, Cornuet PK, Hassell JR (Jun 1993). "Regulation of corneal collagen fibrillogenesis in vitro by corneal proteoglycan (lumican and decorin) core proteins". Experimental Eye Research. 56 (6): 635–48. doi:10.1006/exer.1993.1081. PMID 8595806.
Hillier LD, Lennon G, Becker M, Bonaldo MF, Chiapelli B, Chissoe S, Dietrich N, DuBuque T, Favello A, Gish W, Hawkins M, Hultman M, Kucaba T, Lacy M, Le M, Le N, Mardis E, Moore B, Morris M, Parsons J, Prange C, Rifkin L, Rohlfing T, Schellenberg K, Bento Soares M, Tan F, Thierry-Meg J, Trevaskis E, Underwood K, Wohldman P, Waterston R, Wilson R, Marra M (Sep 1996). "Generation and analysis of 280,000 human expressed sequence tags". Genome Research. 6 (9): 807–28. doi:10.1101/gr.6.9.807. PMID 8889549.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (Oct 1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
Matsushima N, Ohyanagi T, Tanaka T, Kretsinger RH (Feb 2000). "Super-motifs and evolution of tandem leucine-rich repeats within the small proteoglycans--biglycan, decorin, lumican, fibromodulin, PRELP, keratocan, osteoadherin, epiphycan, and osteoglycin". Proteins. 38 (2): 210–25. doi:10.1002/(SICI)1097-0134(20000201)38:2<210::AID-PROT9>3.0.CO;2-1. PMID 10656267.
Svensson L, Närlid I, Oldberg A (Mar 2000). "Fibromodulin and lumican bind to the same region on collagen type I fibrils". FEBS Letters. 470 (2): 178–82. doi:10.1016/S0014-5793(00)01314-4. PMID 10734230.
Pellegata NS, Dieguez-Lucena JL, Joensuu T, Lau S, Montgomery KT, Krahe R, Kivelä T, Kucherlapati R, Forsius H, de la Chapelle A (May 2000). "Mutations in KERA, encoding keratocan, cause cornea plana". Nature Genetics. 25 (1): 91–5. doi:10.1038/75664. PMID 10802664.
Neame PJ, Kay CJ, McQuillan DJ, Beales MP, Hassell JR (May 2000). "Independent modulation of collagen fibrillogenesis by decorin and lumican". Cellular and Molecular Life Sciences. 57 (5): 859–63. doi:10.1007/s000180050048. PMID 10892350.
Grover J, Liu CY, Kao WW, Roughley PJ (Dec 2000). "Analysis of the human lumican gene promoter". The Journal of Biological Chemistry. 275 (52): 40967–73. doi:10.1074/jbc.M004134200. PMID 11016924.
Lu YP, Ishiwata T, Kawahara K, Watanabe M, Naito Z, Moriyama Y, Sugisaki Y, Asano G (Aug 2002). "Expression of lumican in human colorectal cancer cells". Pathology International. 52 (8): 519–26. doi:10.1046/j.1440-1827.2002.01384.x. PMID 12366811.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Moore T, Max SI, Wang J, Hsieh F, Diatchenko L, Marusina K, Farmer AA, Rubin GM, Hong L, Stapleton M, Soares MB, Bonaldo MF, Casavant TL, Scheetz TE, Brownstein MJ, Usdin TB, Toshiyuki S, Carninci P, Prange C, Raha SS, Loquellano NA, Peters GJ, Abramson RD, Mullahy SJ, Bosak SA, McEwan PJ, McKernan KJ, Malek JA, Gunaratne PH, Richards S, Worley KC, Hale S, Garcia AM, Gay LJ, Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanchez A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG, Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodriguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (Dec 2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Anderson NL, Polanski M, Pieper R, Gatlin T, Tirumalai RS, Conrads TP, Veenstra TD, Adkins JN, Pounds JG, Fagan R, Lobley A (Apr 2004). "The human plasma proteome: a nonredundant list developed by combination of four separate sources". Molecular & Cellular Proteomics. 3 (4): 311–26. doi:10.1074/mcp.M300127-MCP200. PMID 14718574.
Bunkenborg J, Pilch BJ, Podtelejnikov AV, Wiśniewski JR (Feb 2004). "Screening for N-glycosylated proteins by liquid chromatography mass spectrometry". Proteomics. 4 (2): 454–65. doi:10.1002/pmic.200300556. PMID 14760718.
Botella LM, Sanz-Rodriguez F, Sanchez-Elsner T, Langa C, Ramirez JR, Vary C, Roughley PJ, Bernabeu C (Jan 2004). "Lumican is down-regulated in cells expressing endoglin. Evidence for an inverse correlationship between Endoglin and Lumican expression". Matrix Biology. 22 (7): 561–72. doi:10.1016/j.matbio.2003.11.006. PMID 14996436.
Vuillermoz B, Khoruzhenko A, D'Onofrio MF, Ramont L, Venteo L, Perreau C, Antonicelli F, Maquart FX, Wegrowski Y (Jun 2004). "The small leucine-rich proteoglycan lumican inhibits melanoma progression". Experimental Cell Research. 296 (2): 294–306. doi:10.1016/j.yexcr.2004.02.005. PMID 15149859.
Köninger J, Giese T, di Mola FF, Wente MN, Esposito I, Bachem MG, Giese NA, Büchler MW, Friess H (Sep 2004). "Pancreatic tumor cells influence the composition of the extracellular matrix". Biochemical and Biophysical Research Communications. 322 (3): 943–9. doi:10.1016/j.bbrc.2004.08.008. PMID 15336555.
Li Y, Aoki T, Mori Y, Ahmad M, Miyamori H, Takino T, Sato H (Oct 2004). "Cleavage of lumican by membrane-type matrix metalloproteinase-1 abrogates this proteoglycan-mediated suppression of tumor cell colony formation in soft agar". Cancer Research. 64 (19): 7058–64. doi:10.1158/0008-5472.CAN-04-1038. PMID 15466200.

[refGRCm38Ensembl-1] 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000036446 - Ensembl, May 2017

[2] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[3] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-4] "Entrez Gene: LUM lumican".

[5] Chakravarti S, Stallings RL, SundarRaj N, Cornuet PK, Hassell JR (Jun 1995). "Primary structure of human lumican (keratan sulfate proteoglycan) and localization of the gene (LUM) to chromosome 12q21.3-q22". Genomics. 27 (3): 481–8. doi:10.1006/geno.1995.1080. PMID 7558030.

[6] Kao WW, Funderburgh JL, Xia Y, Liu CY, Conrad GW (Jan 2006). "Focus on molecules: lumican". Experimental Eye Research. 82 (1): 3–4. doi:10.1016/j.exer.2005.08.012. PMC 2876311. PMID 16213485.

[7] Chakravarti S (2002). "Functions of lumican and fibromodulin: lessons from knockout mice". Glycoconjugate Journal. 19 (4–5): 287–93. doi:10.1023/A:1025348417078. PMID 12975607.

[8] Lucariello A, Trabucco E, Boccia O, Perna A, Sellitto C, Castaldi MA, De Falco M, De Luca A, Cobellis L (2015). "Small leucine rich proteoglycans are differently distributed in normal and pathological endometrium". In Vivo. 29 (2): 217–22. PMID 25792648.

[9] Chakravarti S, Magnuson T, Lass JH, Jepsen KJ, LaMantia C, Carroll H (Jun 1998). "Lumican regulates collagen fibril assembly: skin fragility and corneal opacity in the absence of lumican". The Journal of Cell Biology. 141 (5): 1277–86. doi:10.1083/jcb.141.5.1277. PMC 2137175. PMID 9606218.

[10] Mienaltowski MJ, Birk DE (2014). "Mouse models in tendon and ligament research". Advances in Experimental Medicine and Biology. Advances in Experimental Medicine and Biology. 802: 201–30. doi:10.1007/978-94-007-7893-1_13. PMID 24443029.

[11] Dupuis LE, Berger MG, Feldman S, Doucette L, Fowlkes V, Chakravarti S, Thibaudeau S, Alcala NE, Bradshaw AD, Kern CB (Apr 2015). "Lumican deficiency results in cardiomyocyte hypertrophy with altered collagen assembly". Journal of Molecular and Cellular Cardiology. 84: 70–80. doi:10.1016/j.yjmcc.2015.04.007. PMC 4468017. PMID 25886697.

[12] Li M, Zhai L, Zeng S, Peng Q, Wang J, Deng Y, Xie L, He Y, Li T (Jul 2014). "Lack of association between LUM rs3759223 polymorphism and high myopia". Optometry and Vision Science. 91 (7): 707–12. doi:10.1097/OPX.0000000000000302. PMID 24927138.

[13] Cappellesso R, Millioni R, Arrigoni G, Simonato F, Caroccia B, Iori E, Guzzardo V, Ventura L, Tessari P, Fassina A (2015). "Lumican is overexpressed in lung adenocarcinoma pleural effusions". PLOS ONE. 10 (5): e0126458. doi:10.1371/journal.pone.0126458. PMC 4427354. PMID 25961303.

[14] Li X, Truty MA, Kang Y, Chopin-Laly X, Zhang R, Roife D, Chatterjee D, Lin E, Thomas RM, Wang H, Katz MH, Fleming JB (Dec 2014). "Extracellular lumican inhibits pancreatic cancer cell growth and is associated with prolonged survival after surgery". Clinical Cancer Research. 20 (24): 6529–40. doi:10.1158/1078-0432.CCR-14-0970. PMC 4268437. PMID 25336691.

[15] Pietraszek K, Chatron-Colliet A, Brézillon S, Perreau C, Jakubiak-Augustyn A, Krotkiewski H, Maquart FX, Wegrowski Y (Nov 2014). "Lumican: a new inhibitor of matrix metalloproteinase-14 activity". FEBS Letters. 588 (23): 4319–24. doi:10.1016/j.febslet.2014.09.040. PMID 25304424.

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]

[۶]

[۷]

[۸]

[۹]

[۱۰]

[۱۱]

[۱۲]

[۱۳]

[۱۴]

[۱۵]