قالب فستک (FASTQ) قالب مبتنی بر متن برای ذخیرهسازی هر دوی رشتههای زیستی (معمولاً توالی اسید نوکلئیک) و نمره کیفیت متناظر آن است. هر دوی رشته و نمره کیفیت، با یک کاراکتر ASCII تنها برای اختصار کدگذاری شدهاست. نخست موسسه ولکام تراست سانگ (Wellcome Trust Sanger Institute) برای بسته بندی یک دنباله قالب فستا و دادههای کیفیت آن تولید کرد، اما به تازگی در حال تبدیل شدن به استاندارد برای ذخیرهسازی خروجی دستگاههای با توان بالا مانند دستگاه آنالیز ژنوم Illumina میباشد.
قالب
فایل فستک بهطور معمول از چهار خط در هر دنباله استفاده میکند. خط اول با یک نویسه '@' شروع میشود و توسط دنباله شناسه و شرح اختیاری (مثل خط عنوان فستا) ادامه مییابد. خط دوم رشتهٔ خام است. خط سوم با نویسه '+' آغاز میشود و دوباره توسط همان شناسهٔ رشته (و همان توضیحات)به صورت اختیاری دنبال میشود. خط چهارم کد شدهٔ مقادیر کیفیت برای دنبالهای درج شده در خط دوم، میباشد و باید به همان تعداد از نمادها را شامل باشد.
یک نمونه از آن به صورت زیر میباشد:
@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
پیوست
- MAQ صفحهای برای بحث روی انواع فستک
|
|---|
| پایگاههای داده |
- Sequence databases: ژنبانک, European Nucleotide Archive and DNA Data Bank of Japan
- Secondary databases: یونیپروت, database of protein sequences grouping together یونیپروت, یونیپروت and Protein Information Resource
- Other databases: بانک داده پروتئین, پروژه پایگاه داده ژنوم آنسامبل and اینترپرو
- Specialised genomic databases: BOLD, Saccharomyces Genome Database, FlyBase, VectorBase, WormBase, Rat Genome Database, PHI-base, Arabidopsis Information Resource and Zebrafish Information Network
|
|---|
| نرمافزارها |
- بلاست
- Bowtie
- کلاستال
- EMBOSS
- HMMER
- MUSCLE
- SAMtools
- SOAP suite
- TopHat
|
|---|
| سایر | |
|---|
| مؤسسات |
- Broad Institute
- China National GeneBank (CNGB)
- Computational Biology Department (CBD)
- Microsoft Research - University of Trento Centre for Computational and Systems Biology (COSBI)
- Database Center for Life Science (DBCLS)
- DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
- European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
- European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
- Flatiron Institute
- J. Craig Venter Institute (JCVI)
- Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG)
- مرکز ملی اطلاعات زیستفناوری (NCBI)
- مؤسسه ملی ژنتیک (ژاپن)
- Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC)
- Philippine Genome Center (PGC)
- مؤسسه پژوهشی اسکریپس
- Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
- Wellcome Sanger Institute
- Whitehead Institute
|
|---|
| سازمانها |
- African Society for Bioinformatics and Computational Biology (ASBCB)
- Australia Bioinformatics Resource (EMBL-AR)
- European Molecular Biology network (EMBnet)
- International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)
- International Society for Biocuration (ISB)
- International Society for Computational Biology (ISCB)
- Student Council (ISCB-SC)
- Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB)
- Japanese Society for Bioinformatics (JSBi)
|
|---|
| اجلاسها |
- Basel Computational Biology Conference ([BC2])
- European Conference on Computational Biology (ECCB)
- Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
- International Conference on Bioinformatics (InCoB)
- ISCB Africa ASBCB Conference on Bioinformatics
- Pacific Symposium on Biocomputing (PSB)
- Research in Computational Molecular Biology (RECOMB)
|
|---|
| فرمتهای فایلی |
- CRAM format
- قالب فستا
- قالب فستک
- NeXML format
- Nexus format
- Pileup format
- SAM format
- Stockholm format
- VCF format
|
|---|
| موضوعات مرتبط | |
|---|
|
