کلاستال (به انگلیسی: Clustal) یکی از برنامههای رایانهای معروف برای هم تراز کردن چندگانه توالیها است. آخرین نسخهٔ این برنامه، ویرایش ۲٫۱ آن میباشد. دو گونهٔ مختلف از این برنامه موجود است:
- ClustalW: که واسط کاربر متنی دارد.
- ClustalX: که دارای واسط کاربر گرافیکی است و دارای نسخههای قابل اجرا در سیستم عاملهای ویندوز، لینوکس و مکینتاش است.
این برنامه از وبگاه کلاستال یا سرور اف.تی.پی انستیتو بیوانفورماتیک اروپا قابل دسترسی است.
ورودی
این برنامه قالبهای گوناگونی را به عنوان ورودی میپذیرد؛ برخی از آنها عبارتاند از: NBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF و GDE.
خروجی
خروجی این برنامه میتواند در قالب یکی یا چند تا از قالبهای Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE یا NEXUS باشد.
هم تراز کردن چندگانه توالیها
در الگوریتم کلاستال برای هم تراز کردن چند توالی با هم سه گام اصلی وجود دارد:
- انجام هم تراز کردن جفتی
- ساخت یک درخت فیلوژنتیک (و یا استفاده از یک درخت ساخته شده توسط کاربر)
- استفاده از درخت فیلوژنتیک برای هم تراز کردن چندگانه توالیها
با انتخاب گزینهٔ "Do Complete Alignment" همهٔ این مراحل بهطور خودکار انجام میشوند. گزینههای دیگر شامل "Do Alignment from guide tree" و "Produce guide tree only" میباشد.
تنظیمات
کاربران میتوانند هم تراز کردن توالیها را با تنظیمات پیش فرض انجام دهند؛ هرچند معمولاً با تغییر دادن تنظیمات با پارامترهای خاص خود نتیجهٔ بهتری بدست میآید. این پارامترها، جریمهٔ گشایش فاصله و جریمهٔ گسترش فاصله میباشند.
منابع
مشارکتکنندگان ویکیپدیا. «Clustal». در دانشنامهٔ ویکیپدیای انگلیسی، بازبینیشده در ۲۶ ژوئن ۲۰۱۱.
|
|---|
| پایگاههای داده |
- Sequence databases: ژنبانک, European Nucleotide Archive and DNA Data Bank of Japan
- Secondary databases: یونیپروت, database of protein sequences grouping together یونیپروت, یونیپروت and Protein Information Resource
- Other databases: بانک داده پروتئین, پروژه پایگاه داده ژنوم آنسامبل and اینترپرو
- Specialised genomic databases: BOLD, Saccharomyces Genome Database, FlyBase, VectorBase, WormBase, Rat Genome Database, PHI-base, Arabidopsis Information Resource and Zebrafish Information Network
|
|---|
| نرمافزارها |
- بلاست
- Bowtie
- کلاستال
- EMBOSS
- HMMER
- MUSCLE
- SAMtools
- SOAP suite
- TopHat
|
|---|
| سایر | |
|---|
| مؤسسات |
- Broad Institute
- China National GeneBank (CNGB)
- Computational Biology Department (CBD)
- Microsoft Research - University of Trento Centre for Computational and Systems Biology (COSBI)
- Database Center for Life Science (DBCLS)
- DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
- European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
- European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
- Flatiron Institute
- J. Craig Venter Institute (JCVI)
- Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG)
- مرکز ملی اطلاعات زیستفناوری (NCBI)
- مؤسسه ملی ژنتیک (ژاپن)
- Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC)
- Philippine Genome Center (PGC)
- مؤسسه پژوهشی اسکریپس
- Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
- Wellcome Sanger Institute
- Whitehead Institute
|
|---|
| سازمانها |
- African Society for Bioinformatics and Computational Biology (ASBCB)
- Australia Bioinformatics Resource (EMBL-AR)
- European Molecular Biology network (EMBnet)
- International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)
- International Society for Biocuration (ISB)
- International Society for Computational Biology (ISCB)
- Student Council (ISCB-SC)
- Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB)
- Japanese Society for Bioinformatics (JSBi)
|
|---|
| اجلاسها |
- Basel Computational Biology Conference ([BC2])
- European Conference on Computational Biology (ECCB)
- Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
- International Conference on Bioinformatics (InCoB)
- ISCB Africa ASBCB Conference on Bioinformatics
- Pacific Symposium on Biocomputing (PSB)
- Research in Computational Molecular Biology (RECOMB)
|
|---|
| فرمتهای فایلی |
- CRAM format
- قالب فستا
- قالب فستک
- NeXML format
- Nexus format
- Pileup format
- SAM format
- Stockholm format
- VCF format
|
|---|
| موضوعات مرتبط | |
|---|
|
